淀粉是谷物籽粒中含量最丰富的碳水化合物，借助直链淀粉分析仪的检测可以发现，玉米中包含了25%直链和75%左右的支链淀粉；木薯淀粉中直链淀粉含量通常在17%-20%，木薯淀粉的直链分子中并非完全没有支链，但其支链值低于玉米、马铃薯、大米和小麦。跟总淀粉含量不同的是，直链和支链淀粉的各自所占的百分含量决定了食品原料和工业应用中不同的加工性能。

    玉米淀粉与木薯淀粉相比存在很多的共性需求，但玉米淀粉由于指标以及性能上的差异，导致在一些领域无法完全替代木薯淀粉。例如在一些高端的食品、造纸以及变性淀粉领域，木薯淀粉的刚性需求还是比较稳定的。即使玉米淀粉价格远低于木薯淀粉，价格并不是衡量两者替代关系的唯一因素。另一方面，去年曾经有段时间玉米淀粉明显高于木薯淀粉，部分淀粉糖企业曾考虑用木薯淀粉替代玉米淀粉在淀粉糖行业进行生产，但实验结果表明，目前国内工艺尚不能完全成熟地利用木薯淀粉转化为淀粉糖。
    以食品来距离玉米淀粉无法完全替代木薯淀粉。木薯淀粉在食品方面是作增稠剂和稳定剂，它对食品的食味没有什么贡献，能够完整、直接地呈现食物自身的味道。木薯淀粉以其质地、稳定性等物理性质以及对原食品的食味影响小而长期用于婴儿食品。这些特殊性能是玉米淀粉以及其他淀粉很难达到的。