种子的选择：要根据生长季节、栽培方式、市场需求选择合适的番茄品种。优良的番茄品种应具有抗病、丰产、优质等特点。同时还要检查种子的成熟度、饱满度、机械损伤度、发芽率及发芽势等项指标。合格的番茄种子其种子净度应高于98%，种子色泽纯正、无霉变，纯度高于95%，发芽率高于88%，水分含量低于8%，为此选购种子应到信誉较高的科研单位或种子部门购种，严防购得假冒劣种子造成经济损失。

种子千粒重是种子饱满度的主要标志，若千粒重低于下限数字则不宜在生产上使用。一般大果型番茄种子的千粒重在3.2克左右。 种子千粒重需要用到电子自动数粒仪简称为数粒仪，它有多种不同的型号，测量中小粒子以及大粒子的仪器不同，当然也有可以测定所有种子的仪器，这些仪器实用性很强，SLY-C电子自动数粒仪。

为了提高番茄种子在生产利用的年限，应在种子贮藏过程中，尽量创造良好的条件，延长种子寿命。种子贮藏时，要使种子充分干燥，贮藏库的空气相对湿度尽量降低，温度一般在5℃以下。一般番茄种子的寿命3～6年，在生产上利用年限2～3年。