等电聚焦电泳也是一种电泳方法，利用一种特殊的缓冲液在凝胶内制造一个pH梯度，电泳时每种蛋白质就将迁移到等于其等电点的pH处，形成一个很窄的区带。电泳槽配置的凝胶板面积为220×85mm，适合作薄层等电聚焦电泳。配有冷却装置，特别适宜做种子纯度检测。

    等电聚焦电泳槽和水平电泳槽的测试原理不相同，等电聚焦是根据被分离的蛋白质组分间的等电点的差异被分离的，具有不同等电点的蛋白质会停留在相应的ph区带，而普通的水平电泳槽是根据蛋白质组分间的分子量的大小差异进行分离的，分子量不同的蛋白质会停留在相应孔径的凝胶层。
    用等电聚焦电泳槽进行实验时，应当将电泳槽放在相对干燥的房间内，远离水源。电泳槽使用的是高压电源，所以在使用时要注意安全规范操作，要保证输出电极的正确连接，胶的加样端要放在负极端，否则电泳会反方向跑，稳流状态下，输出电极连线不能与电泳槽脱离连接，否则电泳槽内部会产生极高的电压，将电泳槽烧毁。稳压状态下，输出电极连线间不能出现短路，否则同样会将仪器烧毁。