在蛋白质编码过程中，某一物种或某一类基因往往倾向于使用某些特定的同义密码子，这种现象称为同义密码子的使用偏性。生物界中广泛存在着同义密码子的非均衡实用现象。分析不同物种的密码子用法，可为预测新基因，判断基因表达水平及基因水平转移提供参考。植物病害可给农业生产造成巨大损失，严重制约了农业生产。筛选和培育抗病品种是防治植物病害最为经济、安全和有效的方法。由于人们对植物 - 病原物相互作用机制认识的匮乏、植物抗病性的复杂性及常规育种本身的局限性，抗病育种一直是农业生产上的重大难题。

可被育种专家选用的抵抗植物病害的基因种类很多，其中最重要的一类是植物抗病基因。近几年来，植物抗病基因的克隆加深了人们对植物抗病基因的分子作用机理的认识，对抗病基因在生产上的应用起到了巨大的推动作用。利用生物信息学的方法来研究海岛棉抗病基因的抗病机制及抗病基因进化，对抗病机制的研究、抗病基因的转育及抗病基因进化的研究具有重要的意义。总体来讲，前人对 R 基因的生物学研究主要基于氨基酸水平及同源序列基础之上，对于 R 基因的一级组成的研究还未见报道，本研究对 R 基因密码子使用模式进行初步分析，从碱基组成水平上探究 R基因特征，为抗病新基因的预测和深入研究提供一定的依据。

密码子是蛋白质的基本单位，基因完整编码序列中的密码子用法是分子进化中一种重要的进化现象，从原核生物到真核生物都广泛存在。不同物种或同一物种的不同基因对密码子的用法特征可能有所不同，表明这些基因组或基因在进化过程中所承受的选择压力不同。密码子不但反映了一些进化现象，可以探究许多基本的生物学问题，研究生物密码子使用模式，对于分析物种进化压力以及进一步的遗传研究都有重要的意义。中国粮油仪器网 http://www.grainyq.com/